現実には起こらなかったことにまつわる、誰も思い出すことのできない記憶を、正確に掘り起こそうとすること。奇妙な言い方かもしれませんが、フィクションをそのようなものだと考えることができると思います。
この物語は、入れ替えと分岐(分割)の物語だといえます。まず、主人公の二人、三葉と瀧の、心と体が入れ替わります。そして、一つの彗星が二つに分岐して、その片割れが落下して大災害を引き起こします。しかし、入れ替わった二人が協力することで、一つの世界からもう一つ別の世界が分岐し(片割れし)、災害で多くの人が死んだ世界から、皆が無事に避難できた世界へと、この世界の「現実」が片割れした方へと入れ替えられます。